網站內的優化大致可以分為兩個部分，一是網站結構調整，二是頁面上針對關鍵詞的相關性優化。
網站結構時SEO的基礎。SEO人員對頁面優化討論的比較多，如頁面上關鍵詞怎樣分布，標題標簽怎樣撰寫等，對網站結構的討論則比較少。其實網站結構的優化比頁面優化更重要，掌握起來也更困難。
從SEO角度看，優化網站結構要達到以下幾個目的。
一、用戶體驗
用戶訪問一個網站必須能夠不假思索的自如點擊鏈接，找到自己想要的信息。這有賴于良好的導航系統，適時出現的內部鏈接，準確的錨文字。從根本上說，用戶體驗號的網站也是搜索引擎喜歡的網站，用戶在網站上的行為方式也很可能被計入排名算法中。
二、收錄
網站頁面的收錄在很大程度上依靠良好的網站結構。理論上，清晰的網站結構很容易說清楚，只要策劃好分類或頻道，然后在分類下加入產品頁面，整個網站自然形成樹形結構。在實際操作中，大中型網站往往會形成一個異常復雜的鏈接結構，怎樣使搜索引擎蜘蛛能順利爬行到所有內部頁面是一個很大的挑戰。
三、權重分配
出了外部鏈接能給內部頁面帶來權重外，網站本身的結構及鏈接關系是內部頁面權重分配的重要因素。哪些頁面具備比較高的排名能力，取決于頁面得到的權重。SEO人員必須有意識的規劃好網站所有頁面的重要程度，通過鏈接結構把權重傾向重要頁面。
四、錨文字
錨文字是排名算法很重要的一部分。網站內部鏈接錨文字是站長自己能控制的，所以是最主要的增強關鍵詞相關性的方法之一。在這方面維基百科是SEO人員應該學習的典范，其內部鏈接及錨文字使用達到了非常高的水平。