中小企業規模比較小，產品種類多，經營有相對的靈活性。據統計，我國中小企業數量超過企業總數的70%，中小企業總產值已經占全部工業總量的60%，銷售收入占總額的57%。電子商務給中小企業提供了與大企業公平競爭的平臺。電子商務帶來的經濟利益，使許多中小企業已經在實施或者即將實施電子商務。中小企業電子商務發展的水平，可以從一定程度上反應我國企業電子商務發展現狀。但中小企業電子商務的發展在面臨機遇的同時，也遇到了不少的問題。下面將從管理、基礎設施、執行力和社會政治經濟環境等幾個主要方面來討論中小企業電子商務發展過程中遇到的問題。其中既有大企業同樣面臨的問題，也有中小企業電子商務的個性化問題。
1、對電子商務的認識不足
許多中小企業管理基礎落后，領導信息化意識不強，也沒有充分認識到知識經濟時代搶占信息市場的重要性。或者對如何開展電子商務理解比較片面，如認為電子商務就是上網，或簡單地建一個網站，而相關的管理基礎卻沒有跟上，企業的電子商務僅停留在表面的網站建設上。因此中小企業不但在觀念上要重視電子商務，而且要了解電子商務的實質，不宜盲目跟風。
此外，電子商務不單是一個企業的事情。中小企業供應鏈的管理能力欠缺，如何和供應鏈的核心企業合作，借助其平臺或第三方共享交易平臺開展業務也是中小企業開展電子商務的重要話題。
2、基礎設施落后
中小企業使用互聯網和參與電子商務的程度參差不齊。據統計，目前參與電子商務的企業僅為22.3%，在眾多的行業用戶中，汽車行業、電子行業和貿易行業等信息化建設水平較高。但在這些領先的行業，電子商務的應用也極不平衡，很多網站都不成熟，如網站建設目的不明確，不知道目標用戶是誰，不能反映出企業的形象，網站功能簡陋，用戶找不到自己需要的信息，用戶的咨詢也常常得不到回復等。有些企業雖然建立了網站，但過于關注于傳統業務，網站利用率極低，甚至成為一個空殼。
由于資源有限，許多中小企業需要把主要精力集中放在業務上，難以投入足夠的資源進行信息化建設。但中小企業普遍對采購、生產、庫存、銷售、財務和人事等方面的應用有一定需求， 應用服務提供商模式ASP（application service provider）就成為中小型企業開展電子商務的選擇。就目前ASP的發展情況而言，由于觀念、安全等方面的因素影響，ASP在國內的發展并不讓人滿意。
3、執行力不足
由于中小型企業管理者還未充分認識到電子商務給企業發展，營銷手段帶來的革命性變化，對人才的培養沒有足夠的重視，導致電子商務人才的匱乏。中小型企業開展電子商務需要既要懂技術，又要懂業務的人才。但這方面的人才在大企業也不是很充裕。專業人員的不足，電子商務模式缺乏創新，導致中小型企業缺乏網絡經營的經驗，電子商務的優越性表現不出來，許多中小型企業涉足電子商務心有余力不足。
資金短缺是中小企業的普遍困難。在有限資金的合理使用方面，許多中小企業尚處于摸索階段。很多中小企業對硬件的投資占到整個信息化投資80％以上，而配套軟件和IT服務等方面投入相對滯后，對軟件的選型不恰當，咨詢合作伙伴協調不力，最終會使企業的投資回報率低，難以獲得持久的發展動力。
4、社會配套服務體系不健全
由于國內電子商務還處于電子商務初級發展階段，中小型企業開展電子商務還缺乏一個成熟的商業環境。相對大企業而言，中小型企業的電子商務開展相對較晚，在這種環境下可能面臨的問題更多。由于目前中國在電子商務方面的法律法規不健全以及信用、支付和物流等電子商務發展的瓶頸，由政府、中介服務體系和 IT廠商共同構建的一個完善、誠信和高效的中小企業信息化社會信息服務體系還不健全，導致進行網上交易的企業有一定的風險，難以充分發揮電子商務的優勢，